广州中医药大学于1971年试办中草药培训班（一年制），并于1977年开始招收中药学本科专业（四年制），1984年在中药学专业的基础上成立中药系，1997年经国家中医药管理局批准更名为“中药学院”， 2004年成立了中药学院党委。学校于1993年成立新药开发研究中心（简称新药中心）。2006年，中药学院与新药中心实行合署办公的管理机制，更名为中药学院（新药开发研究中心）2018年中药学院与国际中医药转化医学研究所合署，更名为中药学院（国际中医药转化医学研究所）， 2020年与中医药数理工程研究院合署办公，更名为中药学院（中医药数理工程研究院）。2024年，加挂中药资源中心牌子，更名为中药学院（中药资源中心、中医药数理工程研究院）。

学院现开设中药学和药学两大类4个本科专业，其中“中药学、药学、中药资源与开发”3个专业是国家级一流本科专业建设点，2022年新开设临床药学专业。2023年中药学专业顺利通过教育部专业认证，该专业开设四年制本科班和“4+5”中药学创新人才班（与澳门科技大学联合培养）。学院拥有中药学一级学科硕士、博士学位授权点和博士后科研流动站；药学一级学科硕士学位授权点。中药学和药学学科是国家“双一流”中医学学科群建设学科，也是广东省高水平大学重点建设学科。与中药、药学相关的药理学和毒理学、化学、生物与生物化学、农学、分子生物与遗传学等5各学科进入ESI全球排名前1%。