药用植物生理生态研究所
申妍婷
发布时间:2019-06-27      来源:       点击:

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申妍婷

职称:研究员

学位:博士

联系方式:shenyanting@gzucm.edu.cn

个人获得的荣誉:

第十九届全国植物基因组学大会学术报告;受邀为PLoS ONE, Bioscience Biotechnology and Biochemistry等SCI期刊审稿。

2016年获得博士研究生国家奖学金;2016年获得中国科学院大学三好学生标兵;2015年获得中国科学院大学BHPB奖学金;2014年获得中国科学院院长优秀奖、中国科学院遗传与发育生物学研究所振声奖学金优秀奖、中国科学院大学三好学生标兵

教育工作经历

2019.01 – 至今        广州中医药大学                            研究员

2014.09 - 2018.06      中国科学院遗传与发育生物学研究所          遗传学   (博士)

2011.09 - 2014.06      中国科学院遗传与发育生物学研究所          生物工程 (硕士)

2007.09 - 2011.07      西南交通大学                              生物信息 (学士)

研究方向

植物功能基因组学,主要利用生物信息学手段对植物基因组及其功能进行解析。具体包括对植物个体以及群体的DNA、RNA、翻译、蛋白、代谢等不同层面不同类型高通量大数据的深入分析,专注于利用组学大数据解释生物学问题。

科研及教学课题

暂无

承担的课程

暂无

代表性成绩

(1)从头组装了一个超高质量的大豆基因组,contig N50达到3.46 Mb,比之前使用的大豆参考基因组提高了近19倍,是目前连续性最好的植物基因组之一。该基因组的发布为大豆基础研究提供了极为重要的资源,为国产优异大豆品种的培育奠定了坚实的基础。为了支持国内学术期刊发展,将该项目成果直接投送至Science China Life Science,作为封面文章发表,并配有特邀专家评论。该论文的发表引起了广泛关注,中国科学报、科技日报、中国科学院院网、BioArt等多家媒体进行了报道,National Science Review将其作为亮点研究进行了介绍。

(2)以DNA甲基化为代表,研究首次在群体水平对表观遗传在作物驯化中的作用进行了解析,证明DNA甲基化可以独立于DNA变异在作物驯化过程中发挥作用,提示我们表观遗传变异确实可以作为一种新的遗传资源,为培育更优良的作物提供新的思路。相关结果发表于基因组学顶级期刊Genome Biology。

(3)通过对作物不同组织不同发育时期的大量转录组数据进行深入分析,首次揭示了基因可变剪接与基因自身特征以及所处基因组位置的关系。该结果发表于植物分子生物学权威期刊Plant Cell,并成为ESI高被引论文。

代表性研究论文

Shen, Y.*, Zhang, J., Liu, Y., Liu, S., Liu, Z., Duan, Z., Wang, Z., Zhu, B., Guo, Y., Tian, Z.† 2018. DNA methylation footprints during soybean domestication and improvement. Genome Biol 19:128

Shen, Y.*, Liu, J., Geng, H., Zhang, J., Liu, Y., Zhang, H., Xing, S., Du, J.†, Ma, S.†, and Tian, Z.† (2018). De novo assembly of a Chinese soybean genome. Sci China Life Sci 61 : 871-884

Shen, Y.*, Zhou, Z.*, Wang, Z., Li, W., Fang, C., Wu, M., Ma, Y., Liu, T., Kong, L.A., Peng, D.L.,  Tian, Z.† 2014. Global dissection of alternative splicing in paleopolyploid soybean. Plant Cell 26: 996-10058

Zhang, F.*, Shen, Y.*, Sun, S., Guo, J., Li, C., Wu, C., Li, Q., Nian, H., Huang, X. †, Tian, Z.†, and Han, T.† 2014. Genome-wide gene expression analysis in a dwarf soybean mutant. Plant Genet Resour-C  12(S1):S70-S73

Fang C.*, Ma Y.*, Wu S.*, Liu Z., Wang Z., Yang R., Hu G., Zhou Z., Yu H., Zhang M., Pan Y., Zhou G., Ren H., Du W., Yan H., Wang Y., Han D., Shen Y., Liu S., Liu T., Zhang J., Qin H., Yuan J., Yuan X., Kong F., Liu B., Li J., Zhang Z.†, Wang G.†, Zhu B.†, and Tian Z.†. 2017. Genome-wide association studies dissect the genetic networks underlying agronomical traits in soybean. Genome Biol 18:161

Liu, T.*, Fang, C., Ma, Y., Shen, Y., Li, C.,Li, Q., Wang, M., Liu, S., Zhang, J., Zhou, Z., Yang, R., Wang, Z., Tian, Z.† 2016.Global investigation of the coevolution of MIRNA genes and microRNA targets during soybean domestication. Plant J 85: 396-409

Wang, Z.*, Zhou, Z.*, Liu, Y.*, Liu, T., Li, Q., Ji, Y., Li, C., Fang, C., Wang, M., Wu, M., Shen, Y., Tang, T.†, Ma, J.†, and Tian, Z.† 2015. Functional evolution of phosphatidylethanolamine-binding proteins in soybean and Arabidopsis.  Plant Cell 27: 323-336

Zhou, Z.*, Jiang, Y.*, Wang Z.*, Gou Z.*, Lyu J.*, Li W.*, Yu Y., Shu L., Zhao Y., Ma Y., Fang C., Shen Y., Liu T., Li C., Li Q., Wu M., Wang M., Wu Y., Dong Y., Wan W., Wang X., Ding Z., Gao Y., Xiang H., Zhu B., Lee SH., Wang W..†, and Tian Z.† 2015. Resequencing 302 wild and cultivated accessions identifies genes related to domestication and improvement in soybean. Nature Biotechnol 33: 408–414

Fang, C.*, Li, C.*, Li, W., Wang, Z., Zhou, Z., Shen, Y., Wu, M., Wu, Y., Li, G., Kong, L.A., Liu, C., Jackson, S.A. †, and Tian, Z.† 2014. Concerted evolution of D1 and D2 to regulate chlorophyll degradation in soybean. Plant J 77: 700–712

Zhou, Z.*, Wang, Z.*, Li, W.*, Fang, C., Shen, Y., Li, C., Wu, Y., and Tian, Z† 2013. Comprehensive analyses of microRNA genes evolution in paleopolyploid soybean genome. Plant J 76: 332-344

Fang, C.*, Li, W.*, Li, G., Wang, Z., Zhou, Z., Ma, Y., Shen, Y., Li, C., Wu, Y., Zhu, B., Yang, W., and Tian, Z.† 2013. Cloning of Ln gene through combined approach of map-based cloning and association study in soybean. J Genet Genomics 40: 93-96

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